普通的基因擴增儀（PCR儀）只能夠定性地分析是否存在目標片段。但是價格要低很多，而且運行成本也要低很多。不過不能直接得到擴增結果，還需要做電泳檢測。實際中檢測遺傳疾病，品種分子標記篩選，甚至親自鑒定等都可以由普通PCR儀完成。

　　但是，某些需要定量的實驗就必須用到實時定量PCR了。比如檢測某些病原物的數量（血液乙肝病毒復制程度），特定基因的表達量（比如結合反轉錄做的RNA定量分析），某些基因在染色體組中拷貝數（以前往往使用southern blot技術）等等。熒光定量PCR一般不需要對擴增產物進行電泳分析，操作相對簡單些，但是耗材實在是貴。簡單來說，看有沒有用普通PCR儀，看有多少用熒光定量PCR。